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Breitband-PCR: Jeder Erreger wird gefunden |
Der Erregernachweis mit SepsiTest™ basiert auf der Verwendung validierter, universeller rDNA Primer. SepsiTest™ ermöglicht den Nachweis von allen eubakteriellen und pilzlichen Erregern – einschließlich kultivierbaren und nicht kultivierbaren Stämmen. Die Breitband-Primer von SepsiTest™ binden an konservierte Regionen auf rRNA-Genen und können für das Erreger-Screening im Blut und anderen Proben eingesetzt werden. Anhand der Sequenz variabler Regionen, die innerhalb des entstandenen PCR-Amplifikates liegen, kann mittels Sequenzvergleich in Molzyms Online-Suchmaschine SepsiTest BLAST der Erreger identifiziert werden. Bisher wurden über 345 Spezies mit einem Alignment-Algorithmus gefunden, die detektiert werden können (Tabelle 1 zeigt eine Auswahl). In laufenden Untersuchungen und Studien wurden bisher mehr als 50 Arten identifiziert, die aus dem Blut erkrankter Personen stammten (siehe die Liste ). Somit besteht mit SepsiTest™ die Möglichkeit, bakterielle Erreger und Pilze in Blut- oder anderen klinischen Proben sehr breit nachzuweisen und mittels Sequenzierung zu identifizieren. Tabelle 1: Mit SepsiTest™ nachweisbare Erreger (erweiterbare Liste) Bakterien (Assay Bacteria) | Pilze (Assay Yeasts) | | Gram-negativ | Gram-positiv | Arten | | Gattung | Zahl Arten
| Gattung | Zahl Arten
| Gattung | Zahl Arten
| Achromobacter
| 1
| Serratia
| 4
| Actinomyces
| 1
| Aspergillus fumigatus
| Acinetobacter
| 5
| Shewanella
| 3
| Aerococcus
| 1
| Candida albicans | Actinobacillus
| 2 | Sphingomonas
| 1
| Arthrobacter
| 1
| Candida glabrata | | Aeromonas | 7
| Stenotrophomonas
| 1
| Bacillus
| 20
| Candida kruzeri | Aggregatibacter
| 3
| Vibrio
| 7
| Brevibacterium
| 1
| Candida parapsilosis | Alcaligenes
| 2
| Xanthomonas
| 1
| Clostridium
| 2
| Candida tropicalis | Alteromonas
| 1
| Yersinia
| 2
| Corynebacterium
| 2
| Cryptococcus neoformans | Anaplasma
| 1
| Morganella | 1
| Enterococcus
| 7
| | Bacteroides
| 2
| Neisseria
| 2
| Erysipelothrix
| 1
| | Bifidobacterium
| 9
| Ochrobactrum
| 2
| Exiguobacterium
| 1
| | Brevundimonas
| 2
| Pantoea
| 2
| Geobacillus
| 2
| | Burkholderia
| 6
| Pasteurella
| 1
| Frankia
| 1
| | Butyrivibrio
| 1
| Photobacterium
| 1
| Kocuria
| 1
| | | Campylobacter | 2
| Plesiomonas
| 1
| Lactobacillus
| 28
| | | Chlamydophila | 2
| Proteus
| 2
| Lactococcus
| 3
| | | Citrobacter | 1
| Pseudomonas
| 18
| Leifsonia
| 1
| | | Comamonas | 1
| Rahnella
| 1
| Leuconostoc
| 2
| | | Delftia | 1
| Ralstonia
| 3
| Microbacterium
| 2
| | | Ehrlichia | 2
| Riemerella
| 1
| Micrococcus
| 1
| | | Enterobacter | 6
| Salmonella
| 2
| Mycobacterium
| 10
| | | Escherichia | 1
| | | Nocardia
| 3
| | | Flavobacterium | 3
| | | Paenibacillus
| 3
| | | Haemophilus | 4
| | | Pediococcus
| 2
| | Hafnia
| 1
| | | Propionibacterium
| 1
| | Helicobacter
| 1
| | | Rhodococcus
| 3
| | Klebsiella
| 2
| | | Staphylococcus
| 19
| | Leptospira
| 5
| | | Streptococcus
| 6
| | | Megashaera | 1
| | | Streptomyces
| 2
| | Methylobacterium
| 1
| | | Weissella
| 2
| | Moraxella
| 2
| | | | | | | | | Summe:
| 97
| Summe:
| 129
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